Từ những năm 1960 để đảm bảo tưới tiêu cho 36.216ha đất canh tác trong vùng, Nhà nước đã cho xây dựng: Hệ thống Trịnh Xá (1962); hệ thống Việt Triều (tức Kim đôi, Hiền Lương, Phả Lại) ở huyện Quế Võ vào năm 1966; hệ thống 8 trạm bơm điện nhỏ ven sông Cầu thuộc huyện Yên Phong (1967). Cùng với sự ra đời các hệ thống  trên là các ban quản lý nông giang cũng được thành lập. Đây chính là giai đoạn quá độ hình thành một hệ thống đại thuỷ nông có nhiều công trình đầu mối lớn ở vùng quê Kinh Bắc. Trong giai đoạn 1962- 1970 các công trình trạm bơm và kênh mương tưới tiêu chủ yếu đã xây dựng xong đã phát huy hiệu quả.

          Ngày 29/12/1970, Uỷ ban nhân dân tỉnh Hà Bắc quyết định sát nhập 3 ban quản lý nói trên thành Công ty thuỷ nông Bắc Đuống. Năm 1996, Uỷ ban nhân dân tỉnh  Hà Bắc chuyển Công ty thuỷ nông Bắc Đuống thành doanh nghiệp nhà nước, hoạt động theo phương thức lấy thu bù chi. Năm 2000, Uỷ ban nhân dân tỉnh Bắc Ninh đổi tên Xí nghiệp thuỷ nông Bắc Đuống thành Công ty Khai thác CTTL Bắc Đuống và là doanh nghiệp hoạt động công ích và ngày 21/1/2010 UBND tỉnh Bắc Ninh phê duyệt phương án chuyển Công ty Khai thác CTTL Bắc Đuống thành Công ty TNHH một thành viên khai thác CTTL Bắc Đuống.

          Kể từ ngày đầu tiên trụ sở Công ty đóng ở thị xã Bắc Ninh, rồi về trạm bơm Trịnh Xá với vài ngôi nhà cấp 4 đơn sơ. Toàn Công ty chưa đầy 130 CBCNV, làm việc ở 16 trạm bơm, 8 cụm thuỷ nông. Năm 1985 chuyển về địa điểm phường Đình Bảng – thị xã Từ Sơn – tỉnh Bắc Ninh. Đến nay với cơ sở vật chất khang trang, bộ máy tổ chức của Công ty gồm có 6 phòng, 2 đội, 1 ban, 1 Xí nghiệp đầu mối và 5 xí nghiệp thuỷ nông với  512 CBCNV. (Thạc sỹ: 04 người; Đại học: 97 người; Cao đẳng, trung cấp: 47 người; Công nhân thuỷ nông, Công nhân vận hành và một số công việc khác: 364 người.)

          Công ty TNHH một thành viên KTCTTL Bắc Đuống là một đơn vị lớn trong ngành NN&PTNT hoạt động công ích, làm nhiệm vụ tưới tiêu cho sản xuất nông nghiệp của 5 huyện, thị, thành phố trong tỉnh (Quế Võ, Yên Phong, Tiên Du, Từ Sơn và Bắc Ninh); 4 xã thuộc huyện Đông Anh ( Hà Nội) và một phần xã Ninh Hiệp – Gia Lâm – Hà Nội. Hiện nay, Công ty quản lý 63 trạm bơm với 498 tổ máy bơm các loại, phục vụ tưới tiêu cho 53.000 ha lưu vực; trong đó có 36.216 ha canh tác.  Đồng thời Công ty  đang quản lý 160.5 km kênh chính; 878 km kênh tưới, tiêu cấp I + II; 21 đập điều  tiết  và 345 cống các loại.